ในปี พ.ศ. 2505 กรมการปกครอง กระทรวงมหาดไทย ได้รับมอบหมายจากรัฐบาลโดยคณะกรรมการพัฒนาภาคใต้ ให้แต่งตั้งคณะกรรมการจัดทำโครงการที่จะจัดให้มีมหาวิทยาลัยในภาคใต้ขึ้นตามแผนพัฒนาภาคใต้ ในขั้นต้นคณะกรรมการจัดทำโครงการคิดกันว่าจะจัดตั้งในระดับวิทยาลัยศิลปศาสตร์และวิทยาศาสตร์ (College of Arts and Sciences) แล้วต่อไปจึงจะขยายเป็นมหาวิทยาลัย คณะกรรมการชุดนี้ได้ดำเนินการตามโครงการถึงขั้นสำรวจบริเวณที่จะก่อตั้งมหาวิทยาลัย โดยทำการสำรวจที่ทุ่งนเรนทร์ ตำบลบ่อทอง อำเภอหนองจิก จังหวัดปัตตานี แต่การดำเนินงานของคณะกรรมการชุดนี้ต้องหยุดชะงักลงเพราะไม่ได้รับงบประมาณ ต่อมาในปี พ.ศ. 2506 ได้มีการเปลี่ยนแปลงผู้นำรัฐบาลได้มีการตั้งคณะกรรมการพัฒนาภาคใต้ชุดใหม่ขึ้น โดยมี พ.อ.ถนัด คอมันตร์ รัฐมนตรีว่าการต่างประเทศ ในรัฐบาลชุดนั้นเป็นประธานคณะกรรมการ คณะกรรมการพัฒนาภาคใต้ชุดใหม่ ได้ดำเนินการตามโครงการที่จะจัดให้มีมหาวิทยาลัยในภาคใต้ต่อไป จนถึงปี พ.ศ. 2508 คณะรัฐมนตรีก็อนุมัติในหลักการ 2 ประการ คือให้มีมหาวิทยาลัยภาคใต้โดยมีศูนย์กลางที่ ตำบลรูสะมิแล อำเภอเมือง จังหวัดปัตตานี กำหนดให้มีคณะวิศวกรรมศาสตร์ขึ้นก่อน และมีโครงการที่จะจัดตั้งคณะวิชาต่าง ๆ กระจายไปตามจังหวัดต่าง ๆ ในภาคใต้ เช่น จะจัดตั้งคณะครุศาสตร์และคณะรัฐศาสตร์ ที่ตำบลเขาตูม อำเภอเมือง จังหวัดยะลา จะจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ ที่ตำบลเขารูปช้าง อำเภอเมือง จังหวัดสงขลา และจะจัดตั้งคณะพาณิชยศาสตร์และการบัญชี ที่อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา เป็นต้น คณะกรรมการฯ ได้ของบประมาณเพื่อดำเนินการตามข้อ 1 ในปี 2509 เป็นจำนวนเงิน 30 ล้านบาท โดยคณะกรรมการพัฒนาภาคใต้ชุดนี้ได้แต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินการก่อตั้งมหาวิทยาลัยภาคใต้ขึ้นในปี พ.ศ. 2508 โดยมี พ.อ.ถนัด คอมันตร์ เป็นประธานคณะกรรมการฯ คณะกรรมการฯ เริ่มดำเนินการให้มีการก่อสร้างมหาวิทยาลัยที่ตำบลรูสะมิแล อำเภอเมือง จังหวัดปัตตานี ในปี พ.ศ. 2509 โดยมุ่งที่จะใช้เป็นอาคารของคณะวิศวกรรมศาสตร์ก่อน ในขณะที่ดำเนินการก่อสร้างที่จังหวัดปัตตานีนั้นมหาวิทยาลัยยังไม่มีชื่อเป็นทางการจึงใช้ชื่อว่า “มหาวิทยาลัยภาคใต้” มีสำนักงานชั่วคราวของมหาวิทยาลัยอยู่ที่อาคารคณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ (ปัจจุบันคืออาคารคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล) ในระยะนี้คณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยอยู่ในรูปของคณะกรรมการ (คือคณะกรรมการดำเนินการก่อตั้งมหาวิทยาลัยภาคใต้) โดยมีประธานคณะกรรมการทำหน้าที่เหมือนอธิการบดี ซึ่งในขณะนั้นคือ พ.อ. ถนัด คอมันตร์ ต่อมาคณะกรรมการฯ เห็นว่าเพื่อให้สถาบันแห่งนี้เป็นศูนย์รวมในด้านจิตใจของประชาชนชาวไทย และเพื่อเป็นศิริมงคลแก่มหาวิทยาลัยควรได้นำความกราบบังคมทูลพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เพื่อขอพระราชทานชื่อให้แก่มหาวิทยาลัย ซึ่งพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้พระราชทานชื่อเมื่อวันที่ 22 กันยายน พ.ศ. 2510 ว่า “มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์” ตามพระนามฐานันดรศักดิ์ของสมเด็จพระราชบิดา เจ้าฟ้ามหิดลอดุลเดช กรมหลวงสงขลานครินทร์ (จากพระมหากรุณาธิคุณนี้ มหาวิทยาลัยจึงถือว่าวันที่ 22 กันยายน ของทุกปีเป็นวันสำคัญวันหนึ่งของมหาวิทยาลัย โดยกำหนดเป็น “วันสงขลานครินทร์” จากพระมหากรุณาธิคุณนี้ มหาวิทยาลัยจึงถือว่าวันที่ 22 กันยายน ของทุกปีเป็นวันสำคัญวันหนึ่งของมหาวิทยาลัย โดยกำหนดเป็น “วันสงขลานครินทร์” มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เป็นมหาวิทยาลัยแห่งแรกในภาคใต้ของประเทศไทย เป็นแห่งที่ 3 ในส่วนภูมิภาค และแห่งที่ 9 ของประเทศไทยตาม พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ พ.ศ. 2511
